2013년 9월 기획재정부는 ‘지방재정 건전화를 위한 기능 및 재원 조정방안’이라는 보도자료를 발표했다.

내용은 △주택 취득세율 인하로 인해 감소되는 지방세수의 전액 보전 △지방소비세 전환율 확대(2015년까지 11％) 및 지방소득세 과세체계 개편 △중앙정부의 복지 분담률 확대였다. 이 중 필자가 주목한 것은 지방의 자주재원 및 과세자주권 확충을 위해 개편하겠다고 발표한 지방소득세 부분이다. 지방소득세는 2010년 1월 신설됐지만 이는 2009년 이전의 소득할 주민세와 종업원할 사업소세를 단순 통합해 이름만 지방소득세로 전환한 것이다. 또 국세인 법인세액 및 소득세액의 10％를 과세하는 부가세 형태였다. 따라서 지방에서는 지방소득세를 독립세로 전환해야 한다는 입장을 표명해왔다. 지방소득세를 독립세화한다는 것은 국세인 법인세 및 소득세와 과세표준은 공유하되 세율 및 세액공제와 감면 등은 자치단체가 독자적으로 운영함으로써 국세가 감세정책을 써도 지방세는 영향을 받지 않도록 하는 것이다. 2013년 주택에 대한 취득세율을 인하하는 등의 정책을 추진하면서 지방재정의 건전화를 목표로 지방의 자주재원을 확충하고, 과세 자주권을 확대하는 차원에서 2014년부터 지방소득세를 독립세로 전환하는 변화가 있었다.

그러나 금년 봄부터 지방소득세의 세무조사를 국세와 일원화해야 한다는 주장이 제기됐다. 근거는 국세와 지방세의 중복 세무조사로 기업 경영에 차질을 초래한다는 것이다. 더구나 지난 7월 지방소득세 세무조사와 관련한 지방세법 개정안이 발의돼 현재 국회 안전행정위원회에 회부돼 있다. 법안의 골자는 자치단체는 지방소득세의 과세표준 산정에 대해서는 세무조사를 해서는 안되고 지방소득세와 관련한 질문,검사,보고 및 장부 등의 제출 요구도 해서는 안된다는 내용이다. 즉,소득세 및 법인세의 과세 표준을 국세청이 확정하면 자치단체는 이를 지방소득세의 과세표준으로 그대로 사용하라는 것이다. 세무조사는 세법에 규정되어 있는 질문 검사권을 행사하여 과세 요건의 충족 여부를 사후적으로 확인하는 절차다. 납세자의 정직한 납세순응은 세무조사권의 적정한 행사가 수반될 때 담보된다. 즉 세무조사는 과세권을 담보하는 기본 사항으로,이를 원천적으로 제한하는 것은 과세권 침해다. 또 지방자치의 근본 정신에도 어긋난다. 지방소득세가 부가세에서 독립세로 전환되면서 지방에 진정한 과세 자주권을 부여했지만 이에 따라 실시하는 질문검사권을 배제하려는 것은 지방의 자주재원 및 과세자주권 확충을 위해 지방세를 개편하겠다는 취지와 논리적 모순에 직면한다.

다만,고려할 것은 아무리 과세자주권을 확보해야 한다고 하더라도 지방소득세 세무조사로 인해 기업경영에 지장을 초래해서는 안 된다. 그렇다면 지방소득세에 대해 자치단체에서는 일체의 세무조사를 할 수 없도록 제한하기 보다는 자치단체의 과세자주권도 확보하고,기업경영의 애로도 해소할 수 있는 합리적 방안을 찾아야 한다. 국세청과 자치단체가 협의해 국세청에서 조사했거나 조사할 법인은 자치단체 조사 대상에서 제외하도록 하고,여러 자치단체에 지점을 두고 있는 법인의 경우 산발적인 조사가 되지 않도록 본점 소재지 자치단체에서 세무조사를 통합 실시하도록 하는 등 합리적인 조사방법을 찾으면 된다. 특히,자치단체의 경우 재산세와 취득세 과세자료는 물론 지역 기업에 대한 다양한 정보를 가지고 있어 이를 국세청이 가지고 있는 매출액이나 금융정보 등과 보완할 경우 공평과세 실현과 조세 형평성을 동시에 제고할 수 있다.

이 경우 지방소득세의 독립세 전환으로 지방자치단체의 과세 자주권도 확보하고,이로 인해 발생할지도 모를 기업의 불편사항도 해소할 수 있을 것이다.